吕元善在担任山东官职期间，深入研究了孔氏家族的谱牒，对孔子的宗系有了深入了解，因此编写《圣门志》。他还将在后世影响深远的理学诸儒的事迹，附在孔子弟子之后，以彰显道统的传承。